تتكون الموسوعة من ثلاثة أقسام: القسم الأول: أحاديت التفسير وآثاره. تشتمل الموسوعة على الأحاديث التي وردت عن النبي صلى اللَّه عليه وسلم والمتعلقة بتفسير الآية، وكذا ما ورد من آثار عن الصحابة والتابعين وتابعيهم. وقد أُثبتت في متن الموسوعة. وفائدة هذا القسم: معرفة تفسير السلف الصالح للقرآن الكريم. القسم الثاني: تعليقات أبرز المحققين على أحاديث وآثار التفسير. كما تتضمن الموسوعة تعليقات: ابن جرير، وابن عطية، وابن تيمية، وابن القيم، وابن كثير على الأحاديث والآثار الواردة في التفسير، توضيحًا أو توجيهًا أو موازنة بينها. وقد أُثبتت في حاشية خاصة. وفائدة هذا القسم: معرفة فقه السلف في التفسير، وكيفية التعامل مع الاختلاف في التفسير. القسم الثالث: تخريج أحاديث التفسير. تُعنى الموسوعة بتخريج الأحاديث المرفوعة الواردة في التفسير وذكر أحكام أئمة النقد عليها، وقد أُثبتت في حاشية أخرى مستقلة، كما أُثبت في هذه الحاشية توثيق سائر نصوص الموسوعة وعزوها إلى مصادرها الأصلية المسندة، وخدمتها به لإيضاحات اللازمة. وفائدته: تخريج أحاديث التفسير والحكم عليها تيسيرًا للوقوف عليها، إضافة إلى الوقوف على المصادر الأصلية لآثار تفسير السلف.